ア 個体確認
牛が動かないようにしっかりと保定して，牛の鼻鏡にインクを塗り，鼻紋採取器という紙を挟んだ特殊な器具を用いて，インクを素早く用紙に写し取ります。
鼻鏡には皮膚の紋様があり，この紋様を「鼻紋」と呼んでいます。鼻紋は人間の指紋と同じように，１頭１頭の個体にユニークな紋様をしており，また，生涯不変であるため，間違いのない唯一の個体確認方法として「登録・検定事業」に採用しています。その鼻紋を証明書に貼付することによって，証明している内容と個体との照合が可能となります。
なお，登記検査，登録審査時には，鼻紋採取と同時に個体識別番号の記録もとり，個体情報と個体識別番号を関連付けることによって，牛トレーサビリティーシステムの客観性と信頼性に貢献し，また，高い評価を得ています。
イ 登記検査
登記検査は登録規程及び子牛登記取扱方法並びに同要領に基づき，生後４ヵ月以内に行い，一定の資格条件を満たせば，生後６ヵ月以内に「子牛登記証明書」を発行します。
登記検査では，個体の確認（鼻紋の採取），親子の確認（場合によっては遺伝子型検査を実施），性別の確認，繁殖者の確認，生年月日・種付年月日・妊娠期間等，個体の情報として基本的な事項を確認します。
また，子牛に異常がないかどうかも登記検査で確認します。
ウ 登録審査
登録審査は登録規程並びに登録取扱方法に基づき，生後30ヵ月未満の繁殖牛に対して行い，一定の資格条件を満たせば「登録証明書」を発行します。
登録審査では，まず，書類の確認，個体の確認を行い，次に，体型測定を行い，審査要領に定められている審査標準に基づき審査を行います。
審査標準には，各品種の改良目標が示されており，審査委員はその内容を熟知した上で，審査標準に厳密に照らし合わせて，１頭ごとに審査得点を付け，合否を判定します。また，登記検査時と同様に様々な失格，損徴についても確認し，繁殖牛として適しているかどうかを判断します。
